AlphaGenome API
Vollstandiges Entwicklerhandbuch
Integrieren Sie leistungsstarke DNA-Sequenzanalyse und Varianteneffekt-Vorhersage mit unserem Python SDK und REST API in Ihre Anwendungen.
Schnellstart
Starten Sie mit AlphaGenome in wenigen Minuten
SDK installieren
Installieren Sie das Python-Paket mit pip
pip install dr7-alphagenomeAPI-Schlussel einrichten
Konfigurieren Sie Ihre Authentifizierungsdaten
export DR7_API_KEY=your_keyVorhersage ausfuhren
Machen Sie Ihre erste Vorhersage uber die Kommandozeile
alphagenome predict seq.fafrom dr7_alphagenome import AlphaGenome
# Initialize the client
client = AlphaGenome(api_key="your_api_key")
# Predict from DNA sequence
sequence = "ATCGATCG..." * 125000 # 1Mb sequence
results = client.predict(
sequence=sequence,
modalities=["CAGE", "ATAC", "ChIP"],
cell_types=["K562", "HepG2"]
)
# Get variant effect predictions
variant_effect = client.score_variant(
chromosome="chr1",
position=12345,
ref="A",
alt="G"
)
print(f"Variant effect score: {variant_effect.score}")
print(f"Affected tracks: {variant_effect.top_affected_tracks}")Kern-API-Fahigkeiten
Leistungsstarke Endpunkte fur umfassende Genomik-Analyse
Sequenzvorhersage
POST /v1/alphagenome/predict
Sagen Sie funktionelle Effekte aus rohen DNA-Sequenzen voraus. Gibt Vorhersagen uber 5.930 Tracks zuruck, die Genexpression, Chromatin-Zuganglichkeit und mehr abdecken.
Parameter:
- •sequence: DNA-Sequenz (bis zu 1Mb)
- •modalities: Liste der Ausgabetypen (CAGE, ATAC, etc.)
- •cell_types: Ziel-Zelltypen/Gewebe
- •output_format: json, bigwig oder bedgraph
Varianten-Bewertung
POST /v1/alphagenome/variant
Bewerten Sie die funktionelle Auswirkung genetischer Varianten. Vergleichen Sie Referenz- und Alternativ-Allel-Vorhersagen, um Varianteneffekte zu quantifizieren.
Parameter:
- •chromosome: Chromosomenname (chr1-chr22, chrX, chrY)
- •position: Genomische Position (hg38)
- •ref: Referenz-Allel
- •alt: Alternatives Allel
- •window_size: Kontextfenster (Standard 100kb)
Stapelverarbeitung
POST /v1/alphagenome/batch
Verarbeiten Sie mehrere Sequenzen oder Varianten in einer einzigen Anfrage. Ideal fur VCF-Dateien oder genomweite Studien.
Parameter:
- •variants: Liste von Varianten oder VCF-Datei
- •parallel: Parallelverarbeitung aktivieren
- •callback_url: Webhook fur Abschlussbenachrichtigung
- •output_format: Ausgabedateiformat
Regionsabfrage
GET /v1/alphagenome/region
Fragen Sie Vorhersagen fur eine bestimmte genomische Region ab. Nutzlich fur die Visualisierung von Vorhersagen in einem Genom-Browser.
Parameter:
- •chromosome: Zielchromosom
- •start: Startposition
- •end: Endposition (max. 1Mb Bereich)
- •tracks: Bestimmte zuruckzugebende Tracks
Codebeispiele
Lernen Sie anhand dieser haufigen Anwendungsfalle
Grundlegende Sequenzvorhersage
from dr7_alphagenome import AlphaGenome
client = AlphaGenome()
# Load sequence from FASTA file
results = client.predict_from_fasta(
"input.fa",
modalities=["CAGE", "ATAC", "DNase", "H3K27ac"],
output_format="bigwig"
)
# Results are saved as BigWig files for visualization
for track in results.tracks:
print(f"Saved: {track.output_path}")Varianteneffekt-Bewertung
from dr7_alphagenome import AlphaGenome
client = AlphaGenome()
# Score a single variant
effect = client.score_variant(
chromosome="chr17",
position=7674220, # Near TP53 gene
ref="G",
alt="A",
window_size=100000 # Context around variant
)
print(f"Overall effect score: {effect.score:.4f}")
print(f"Gene expression change: {effect.expression_delta:.4f}")
print("Top affected cell types:")
for ct in effect.top_cell_types[:5]:
print(f" {ct.name}: {ct.score:.4f}")Stapel-VCF-Verarbeitung
from dr7_alphagenome import AlphaGenome
client = AlphaGenome()
# Score variants from VCF file
results = client.score_vcf(
"variants.vcf",
reference="hg38",
output_file="scored_variants.tsv",
include_tracks=["CAGE", "enhancer_activity"],
parallel=True
)
print(f"Scored {results.total_variants} variants")
print(f"High-impact variants: {results.high_impact_count}")
# Filter for regulatory variants
regulatory = results.filter(
min_score=0.5,
affected_elements=["enhancer", "promoter"]
)
regulatory.to_dataframe().to_csv("regulatory_variants.csv")REST API mit curl
# REST API Example with curl
# Predict from sequence
curl -X POST https://api.dr7.ai/v1/alphagenome/predict \
-H "Authorization: Bearer $DR7_API_KEY" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d '{
"sequence": "ATCGATCG...",
"modalities": ["CAGE", "ATAC"],
"cell_types": ["K562"]
}'
# Score variant
curl -X POST https://api.dr7.ai/v1/alphagenome/variant \
-H "Authorization: Bearer $DR7_API_KEY" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d '{
"chromosome": "chr1",
"position": 12345,
"ref": "A",
"alt": "G"
}'Hilfe mit der API benotigt?
Fragen Sie unseren KI-Assistenten nach Hilfe bei Codebeispielen, Fehlerbehebung oder Integrationsfragen
AlphaGenome API Assistant API Technischer Support
Genomik-KI erleben
Best Practices
Optimieren Sie Ihre AlphaGenome API-Nutzung
Sequenzlangen-Optimierung
Balancieren Sie Kontextlange mit Verarbeitungszeit fur optimale Ergebnisse.
- ✓Verwenden Sie 100kb-500kb Fenster fur die meisten Anwendungen
- ✓Vollstandiger 1Mb-Kontext fur Langstrecken-Regulationsanalyse
- ✓Kleinere Fenster (50kb) fur Hochdurchsatz-Varianten-Bewertung
Zelltyp-Auswahl
Wahlen Sie relevante Zelltypen, um Ihre Analyse zu fokussieren.
- ✓Wahlen Sie Zelltypen, die zu Ihrer biologischen Fragestellung passen
- ✓Verwenden Sie gewebeangepasste Zelltypen fur Krankheitsstudien
- ✓Fragen Sie verfugbare Zelltypen mit /v1/alphagenome/cell-types ab
Stapelverarbeitungsstrategie
Verarbeiten Sie grosse Datensatze effizient mit Batch-Endpunkten.
- ✓Gruppieren Sie Varianten nach Chromosom fur effiziente Verarbeitung
- ✓Verwenden Sie asynchrone Callbacks fur grosse Jobs (>1000 Varianten)
- ✓Berucksichtigen Sie das Ausgabeformat basierend auf der nachgelagerten Analyse
Fehlerbehandlung
Erstellen Sie robuste Anwendungen mit ordnungsgemasser Fehlerbehandlung.
- ✓Implementieren Sie exponentielles Backoff fur Ratenlimits
- ✓Validieren Sie Sequenzen vor dem Absenden
- ✓Uberprufen Sie Varianten-Positionen gegen das Referenzgenom
Bereit, Ihre Genomik-Analyse zu skalieren?
Erhalten Sie API-Zugang mit hoheren Ratenlimits, prioritarem Support und erweiterten Funktionen.
API FAQ
Haufige technische Fragen zur AlphaGenome API
Was sind die Ratenlimits?
Kostenlos: 100 Anfragen/Tag. Standard: 10.000 Anfragen/Tag. Pro: 100.000 Anfragen/Tag. Enterprise: Benutzerdefinierte Limits verfugbar. Ratenlimit-Header sind in allen API-Antworten enthalten.
Welche Eingabeformate werden unterstutzt?
Die API akzeptiert rohe DNA-Sequenzen (A, T, C, G Zeichen), FASTA-Format, genomische Koordinaten (hg38) und VCF-Dateien fur Stapel-Varianten-Bewertung. Sequenzen konnen bis zu 1Mb lang sein.
Wie behandle ich lange Sequenzen?
Fur Sequenzen langer als 1Mb, teilen Sie sie in uberlappende Fenster und kombinieren Sie die Vorhersagen. Das SDK bietet eine sliding_window() Hilfsfunktion, die dies automatisch behandelt.
Welche Ausgabeformate sind verfugbar?
JSON (Standard) fur programmatischen Zugriff, BigWig fur Genom-Browser-Visualisierung, BedGraph fur textbasierte Analyse und TSV fur tabellarische Ausgaben. Stapeljobs konnen auch komprimierte Dateien ausgeben.
Wie authentifiziere ich mich?
Verwenden Sie Bearer-Token-Authentifizierung mit Ihrem API-Schlussel. Setzen Sie die DR7_API_KEY Umgebungsvariable oder ubergeben Sie sie direkt an den Client-Konstruktor. API-Schlussel konnen in Ihrem Dr7.ai Dashboard verwaltet werden.
Gibt es ein Python SDK?
Ja! Installieren Sie mit 'pip install dr7-alphagenome'. Das SDK bietet eine High-Level-Schnittstelle fur alle API-Endpunkte, automatische Wiederholungen, Streaming-Unterstutzung und Hilfsfunktionen fur gangige Workflows.