API de AlphaGenome
Guia Completa del Desarrollador
Integra potentes analisis de secuencias de ADN y prediccion de efectos de variantes en tus aplicaciones con nuestro SDK de Python y API REST.
Inicio Rapido
Comienza a usar AlphaGenome en minutos
Instalar SDK
Instala el paquete de Python usando pip
pip install dr7-alphagenomeConfigurar Clave API
Configura tus credenciales de autenticacion
export DR7_API_KEY=your_keyEjecutar Prediccion
Realiza tu primera prediccion desde la linea de comandos
alphagenome predict seq.fafrom dr7_alphagenome import AlphaGenome
# Initialize the client
client = AlphaGenome(api_key="your_api_key")
# Predict from DNA sequence
sequence = "ATCGATCG..." * 125000 # 1Mb sequence
results = client.predict(
sequence=sequence,
modalities=["CAGE", "ATAC", "ChIP"],
cell_types=["K562", "HepG2"]
)
# Get variant effect predictions
variant_effect = client.score_variant(
chromosome="chr1",
position=12345,
ref="A",
alt="G"
)
print(f"Variant effect score: {variant_effect.score}")
print(f"Affected tracks: {variant_effect.top_affected_tracks}")Capacidades Principales de la API
Potentes endpoints para analisis genomico integral
Prediccion de Secuencias
POST /v1/alphagenome/predict
Predice efectos funcionales a partir de secuencias de ADN crudas. Devuelve predicciones en 5,930 pistas que cubren expresion genica, accesibilidad de cromatina y mas.
Parametros:
- •sequence: Secuencia de ADN (hasta 1Mb)
- •modalities: Lista de tipos de salida (CAGE, ATAC, etc.)
- •cell_types: Tipos de celulas/tejidos objetivo
- •output_format: json, bigwig o bedgraph
Puntuacion de Variantes
POST /v1/alphagenome/variant
Puntua el impacto funcional de las variantes geneticas. Compara predicciones de alelos de referencia y alternativos para cuantificar efectos de variantes.
Parametros:
- •chromosome: Nombre del cromosoma (chr1-chr22, chrX, chrY)
- •position: Posicion genomica (hg38)
- •ref: Alelo de referencia
- •alt: Alelo alternativo
- •window_size: Ventana de contexto (predeterminado 100kb)
Procesamiento por Lotes
POST /v1/alphagenome/batch
Procesa multiples secuencias o variantes en una sola solicitud. Ideal para archivos VCF o estudios de genoma completo.
Parametros:
- •variants: Lista de variantes o archivo VCF
- •parallel: Habilitar procesamiento paralelo
- •callback_url: Webhook para notificacion de finalizacion
- •output_format: Formato de archivo de salida
Consulta de Region
GET /v1/alphagenome/region
Consulta predicciones para una region genomica especifica. Util para visualizar predicciones en un navegador genomico.
Parametros:
- •chromosome: Cromosoma objetivo
- •start: Posicion de inicio
- •end: Posicion final (maximo 1Mb de rango)
- •tracks: Pistas especificas a devolver
Ejemplos de Codigo
Aprende con estos casos de uso comunes
Prediccion Basica de Secuencias
from dr7_alphagenome import AlphaGenome
client = AlphaGenome()
# Load sequence from FASTA file
results = client.predict_from_fasta(
"input.fa",
modalities=["CAGE", "ATAC", "DNase", "H3K27ac"],
output_format="bigwig"
)
# Results are saved as BigWig files for visualization
for track in results.tracks:
print(f"Saved: {track.output_path}")Puntuacion de Efectos de Variantes
from dr7_alphagenome import AlphaGenome
client = AlphaGenome()
# Score a single variant
effect = client.score_variant(
chromosome="chr17",
position=7674220, # Near TP53 gene
ref="G",
alt="A",
window_size=100000 # Context around variant
)
print(f"Overall effect score: {effect.score:.4f}")
print(f"Gene expression change: {effect.expression_delta:.4f}")
print("Top affected cell types:")
for ct in effect.top_cell_types[:5]:
print(f" {ct.name}: {ct.score:.4f}")Procesamiento VCF por Lotes
from dr7_alphagenome import AlphaGenome
client = AlphaGenome()
# Score variants from VCF file
results = client.score_vcf(
"variants.vcf",
reference="hg38",
output_file="scored_variants.tsv",
include_tracks=["CAGE", "enhancer_activity"],
parallel=True
)
print(f"Scored {results.total_variants} variants")
print(f"High-impact variants: {results.high_impact_count}")
# Filter for regulatory variants
regulatory = results.filter(
min_score=0.5,
affected_elements=["enhancer", "promoter"]
)
regulatory.to_dataframe().to_csv("regulatory_variants.csv")REST API con curl
# REST API Example with curl
# Predict from sequence
curl -X POST https://api.dr7.ai/v1/alphagenome/predict \
-H "Authorization: Bearer $DR7_API_KEY" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d '{
"sequence": "ATCGATCG...",
"modalities": ["CAGE", "ATAC"],
"cell_types": ["K562"]
}'
# Score variant
curl -X POST https://api.dr7.ai/v1/alphagenome/variant \
-H "Authorization: Bearer $DR7_API_KEY" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d '{
"chromosome": "chr1",
"position": 12345,
"ref": "A",
"alt": "G"
}'Necesitas Ayuda con la API?
Pide ayuda a nuestro asistente de IA con ejemplos de codigo, solucion de problemas o preguntas de integracion
AlphaGenome API Assistant Soporte Tecnico de API
Experimenta IA Genómica
Mejores Practicas
Optimiza tu uso de la API de AlphaGenome
Optimizacion de Longitud de Secuencia
Equilibra la longitud del contexto con el tiempo de procesamiento para obtener resultados optimos.
- ✓Usa ventanas de 100kb-500kb para la mayoria de aplicaciones
- ✓Contexto completo de 1Mb para analisis regulatorio de largo alcance
- ✓Ventanas mas pequenas (50kb) para puntuacion de variantes de alto rendimiento
Seleccion de Tipo de Celula
Elige tipos de celulas relevantes para enfocar tu analisis.
- ✓Selecciona tipos de celulas que coincidan con tu pregunta biologica
- ✓Usa tipos de celulas coincidentes con el tejido para estudios de enfermedades
- ✓Consulta tipos de celulas disponibles con /v1/alphagenome/cell-types
Estrategia de Procesamiento por Lotes
Procesa eficientemente grandes conjuntos de datos con endpoints de lotes.
- ✓Agrupa variantes por cromosoma para procesamiento eficiente
- ✓Usa callbacks asincronos para trabajos grandes (>1000 variantes)
- ✓Considera el formato de salida basado en el analisis posterior
Manejo de Errores
Construye aplicaciones robustas con manejo adecuado de errores.
- ✓Implementa retroceso exponencial para limites de tasa
- ✓Valida secuencias antes del envio
- ✓Verifica posiciones de variantes contra el genoma de referencia
Listo para Escalar tu Analisis Genomico?
Obtiene acceso a la API con limites de tasa mas altos, soporte prioritario y funciones avanzadas.
FAQ de la API
Preguntas tecnicas comunes sobre la API de AlphaGenome
Cuales son los limites de tasa?
Nivel gratuito: 100 solicitudes/dia. Estandar: 10,000 solicitudes/dia. Pro: 100,000 solicitudes/dia. Empresarial: Limites personalizados disponibles. Los encabezados de limite de tasa se incluyen en todas las respuestas de la API.
Que formatos de entrada se soportan?
La API acepta secuencias de ADN crudas (caracteres A, T, C, G), formato FASTA, coordenadas genomicas (hg38) y archivos VCF para puntuacion de variantes por lotes. Las secuencias pueden tener hasta 1Mb de longitud.
Como manejo secuencias largas?
Para secuencias mas largas de 1Mb, dividelas en ventanas superpuestas y combina las predicciones. El SDK proporciona una funcion auxiliar sliding_window() que maneja esto automaticamente.
Que formatos de salida estan disponibles?
JSON (predeterminado) para acceso programatico, BigWig para visualizacion en navegador genomico, BedGraph para analisis basado en texto y TSV para salidas tabulares. Los trabajos por lotes tambien pueden generar archivos comprimidos.
Como me autentico?
Usa autenticacion de token Bearer con tu clave API. Establece la variable de entorno DR7_API_KEY o pasala directamente al constructor del cliente. Las claves API pueden administrarse en tu panel de Dr7.ai.
Hay un SDK de Python disponible?
Si! Instala con 'pip install dr7-alphagenome'. El SDK proporciona una interfaz de alto nivel para todos los endpoints de la API, reintentos automaticos, soporte de streaming y funciones auxiliares para flujos de trabajo comunes.