API AlphaGenome
Guide Complet du Developpeur
Integrez une puissante analyse de sequences ADN et une prediction des effets de variants dans vos applications avec notre SDK Python et notre API REST.
Demarrage Rapide
Commencez a utiliser AlphaGenome en quelques minutes
Installer le SDK
Installez le package Python avec pip
pip install dr7-alphagenomeConfigurer la Cle API
Configurez vos identifiants d'authentification
export DR7_API_KEY=your_keyExecuter une Prediction
Effectuez votre premiere prediction depuis la ligne de commande
alphagenome predict seq.fafrom dr7_alphagenome import AlphaGenome
# Initialize the client
client = AlphaGenome(api_key="your_api_key")
# Predict from DNA sequence
sequence = "ATCGATCG..." * 125000 # 1Mb sequence
results = client.predict(
sequence=sequence,
modalities=["CAGE", "ATAC", "ChIP"],
cell_types=["K562", "HepG2"]
)
# Get variant effect predictions
variant_effect = client.score_variant(
chromosome="chr1",
position=12345,
ref="A",
alt="G"
)
print(f"Variant effect score: {variant_effect.score}")
print(f"Affected tracks: {variant_effect.top_affected_tracks}")Capacites Principales de l'API
Points de terminaison puissants pour une analyse genomique complete
Prediction de Sequence
POST /v1/alphagenome/predict
Predisez les effets fonctionnels a partir de sequences ADN brutes. Renvoie des predictions sur 5 930 pistes couvrant l'expression genique, l'accessibilite de la chromatine et plus encore.
Parametres :
- •sequence : Sequence ADN (jusqu'a 1Mo)
- •modalities : Liste des types de sortie (CAGE, ATAC, etc.)
- •cell_types : Types de cellules/tissus cibles
- •output_format : json, bigwig ou bedgraph
Notation des Variants
POST /v1/alphagenome/variant
Evaluez l'impact fonctionnel des variants genetiques. Comparez les predictions des alleles de reference et alternatifs pour quantifier les effets des variants.
Parametres :
- •chromosome : Nom du chromosome (chr1-chr22, chrX, chrY)
- •position : Position genomique (hg38)
- •ref : Allele de reference
- •alt : Allele alternatif
- •window_size : Fenetre de contexte (defaut 100kb)
Traitement par Lots
POST /v1/alphagenome/batch
Traitez plusieurs sequences ou variants en une seule requete. Ideal pour les fichiers VCF ou les etudes a l'echelle du genome.
Parametres :
- •variants : Liste de variants ou fichier VCF
- •parallel : Activer le traitement parallele
- •callback_url : Webhook pour notification de completion
- •output_format : Format du fichier de sortie
Requete de Region
GET /v1/alphagenome/region
Interrogez les predictions pour une region genomique specifique. Utile pour visualiser les predictions dans un navigateur genomique.
Parametres :
- •chromosome : Chromosome cible
- •start : Position de depart
- •end : Position de fin (plage max 1Mo)
- •tracks : Pistes specifiques a retourner
Exemples de Code
Apprenez avec ces cas d'utilisation courants
Prediction de Sequence Basique
from dr7_alphagenome import AlphaGenome
client = AlphaGenome()
# Load sequence from FASTA file
results = client.predict_from_fasta(
"input.fa",
modalities=["CAGE", "ATAC", "DNase", "H3K27ac"],
output_format="bigwig"
)
# Results are saved as BigWig files for visualization
for track in results.tracks:
print(f"Saved: {track.output_path}")Notation des Effets de Variants
from dr7_alphagenome import AlphaGenome
client = AlphaGenome()
# Score a single variant
effect = client.score_variant(
chromosome="chr17",
position=7674220, # Near TP53 gene
ref="G",
alt="A",
window_size=100000 # Context around variant
)
print(f"Overall effect score: {effect.score:.4f}")
print(f"Gene expression change: {effect.expression_delta:.4f}")
print("Top affected cell types:")
for ct in effect.top_cell_types[:5]:
print(f" {ct.name}: {ct.score:.4f}")Traitement VCF par Lots
from dr7_alphagenome import AlphaGenome
client = AlphaGenome()
# Score variants from VCF file
results = client.score_vcf(
"variants.vcf",
reference="hg38",
output_file="scored_variants.tsv",
include_tracks=["CAGE", "enhancer_activity"],
parallel=True
)
print(f"Scored {results.total_variants} variants")
print(f"High-impact variants: {results.high_impact_count}")
# Filter for regulatory variants
regulatory = results.filter(
min_score=0.5,
affected_elements=["enhancer", "promoter"]
)
regulatory.to_dataframe().to_csv("regulatory_variants.csv")API REST avec curl
# REST API Example with curl
# Predict from sequence
curl -X POST https://api.dr7.ai/v1/alphagenome/predict \
-H "Authorization: Bearer $DR7_API_KEY" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d '{
"sequence": "ATCGATCG...",
"modalities": ["CAGE", "ATAC"],
"cell_types": ["K562"]
}'
# Score variant
curl -X POST https://api.dr7.ai/v1/alphagenome/variant \
-H "Authorization: Bearer $DR7_API_KEY" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d '{
"chromosome": "chr1",
"position": 12345,
"ref": "A",
"alt": "G"
}'Besoin d'Aide avec l'API ?
Demandez de l'aide a notre assistant IA pour des exemples de code, le depannage ou les questions d'integration
AlphaGenome API Assistant Support Technique API
Découvrez l'IA Génomique
Meilleures Pratiques
Optimisez votre utilisation de l'API AlphaGenome
Optimisation de la Longueur de Sequence
Equilibrez la longueur du contexte avec le temps de traitement pour des resultats optimaux.
- ✓Utilisez des fenetres de 100kb-500kb pour la plupart des applications
- ✓Contexte complet de 1Mo pour l'analyse regulatoire a longue portee
- ✓Fenetres plus petites (50kb) pour la notation de variants a haut debit
Selection du Type de Cellule
Choisissez des types de cellules pertinents pour cibler votre analyse.
- ✓Selectionnez des types de cellules correspondant a votre question biologique
- ✓Utilisez des types de cellules apparies aux tissus pour les etudes de maladies
- ✓Interrogez les types de cellules disponibles avec /v1/alphagenome/cell-types
Strategie de Traitement par Lots
Traitez efficacement de grands ensembles de donnees avec les points de terminaison batch.
- ✓Groupez les variants par chromosome pour un traitement efficace
- ✓Utilisez des callbacks asynchrones pour les gros travaux (>1000 variants)
- ✓Considerez le format de sortie en fonction de l'analyse en aval
Gestion des Erreurs
Construisez des applications robustes avec une gestion d'erreurs appropriee.
- ✓Implementez un backoff exponentiel pour les limites de debit
- ✓Validez les sequences avant soumission
- ✓Verifiez les positions des variants par rapport au genome de reference
Pret a Etendre Votre Analyse Genomique ?
Obtenez un acces API avec des limites de debit plus elevees, un support prioritaire et des fonctionnalites avancees.
FAQ de l'API
Questions techniques courantes sur l'API AlphaGenome
Quelles sont les limites de debit ?
Gratuit : 100 requetes/jour. Standard : 10 000 requetes/jour. Pro : 100 000 requetes/jour. Entreprise : Limites personnalisees disponibles. Les en-tetes de limite de debit sont inclus dans toutes les reponses API.
Quels formats d'entree sont supportes ?
L'API accepte les sequences ADN brutes (caracteres A, T, C, G), le format FASTA, les coordonnees genomiques (hg38) et les fichiers VCF pour la notation de variants par lots. Les sequences peuvent atteindre 1Mo de longueur.
Comment gerer les longues sequences ?
Pour les sequences de plus de 1Mo, divisez-les en fenetres chevauchantes et combinez les predictions. Le SDK fournit une fonction d'aide sliding_window() qui gere cela automatiquement.
Quels formats de sortie sont disponibles ?
JSON (par defaut) pour l'acces programmatique, BigWig pour la visualisation dans un navigateur genomique, BedGraph pour l'analyse textuelle et TSV pour les sorties tabulaires. Les travaux par lots peuvent egalement produire des fichiers compresses.
Comment m'authentifier ?
Utilisez l'authentification par jeton Bearer avec votre cle API. Definissez la variable d'environnement DR7_API_KEY ou passez-la directement au constructeur du client. Les cles API peuvent etre gerees dans votre tableau de bord Dr7.ai.
Y a-t-il un SDK Python disponible ?
Oui ! Installez avec 'pip install dr7-alphagenome'. Le SDK fournit une interface de haut niveau pour tous les points de terminaison API, des tentatives automatiques, le support du streaming et des fonctions d'aide pour les workflows courants.