AlphaGenome API
Guida Completa per Sviluppatori
Integra potenti analisi di sequenze DNA e predizione degli effetti delle varianti nelle tue applicazioni con il nostro Python SDK e REST API.
Avvio Rapido
Inizia a usare AlphaGenome in pochi minuti
Installa SDK
Installa il pacchetto Python usando pip
pip install dr7-alphagenomeImposta Chiave API
Configura le tue credenziali di autenticazione
export DR7_API_KEY=your_keyEsegui Predizione
Effettua la tua prima predizione dalla riga di comando
alphagenome predict seq.fafrom dr7_alphagenome import AlphaGenome
# Initialize the client
client = AlphaGenome(api_key="your_api_key")
# Predict from DNA sequence
sequence = "ATCGATCG..." * 125000 # 1Mb sequence
results = client.predict(
sequence=sequence,
modalities=["CAGE", "ATAC", "ChIP"],
cell_types=["K562", "HepG2"]
)
# Get variant effect predictions
variant_effect = client.score_variant(
chromosome="chr1",
position=12345,
ref="A",
alt="G"
)
print(f"Variant effect score: {variant_effect.score}")
print(f"Affected tracks: {variant_effect.top_affected_tracks}")Capacità Principali dell'API
Endpoint potenti per un'analisi genomica completa
Predizione Sequenza
POST /v1/alphagenome/predict
Predici gli effetti funzionali dalle sequenze DNA grezze. Restituisce predizioni su 5.930 tracce che coprono espressione genica, accessibilità della cromatina e altro.
Parametri:
- •sequence: Sequenza DNA (fino a 1Mb)
- •modalities: Lista dei tipi di output (CAGE, ATAC, ecc.)
- •cell_types: Tipi di cellule/tessuti target
- •output_format: json, bigwig o bedgraph
Scoring Varianti
POST /v1/alphagenome/variant
Valuta l'impatto funzionale delle varianti genetiche. Confronta le predizioni degli alleli di riferimento e alternativi per quantificare gli effetti delle varianti.
Parametri:
- •chromosome: Nome del cromosoma (chr1-chr22, chrX, chrY)
- •position: Posizione genomica (hg38)
- •ref: Allele di riferimento
- •alt: Allele alternativo
- •window_size: Finestra di contesto (default 100kb)
Elaborazione Batch
POST /v1/alphagenome/batch
Elabora più sequenze o varianti in una singola richiesta. Ideale per file VCF o studi a scala genomica.
Parametri:
- •variants: Lista di varianti o file VCF
- •parallel: Abilita elaborazione parallela
- •callback_url: Webhook per notifica di completamento
- •output_format: Formato del file di output
Query Regione
GET /v1/alphagenome/region
Interroga le predizioni per una specifica regione genomica. Utile per visualizzare le predizioni in un browser genomico.
Parametri:
- •chromosome: Cromosoma target
- •start: Posizione iniziale
- •end: Posizione finale (range max 1Mb)
- •tracks: Tracce specifiche da restituire
Esempi di Codice
Impara attraverso esempi di casi d'uso comuni
Predizione Sequenza Base
from dr7_alphagenome import AlphaGenome
client = AlphaGenome()
# Load sequence from FASTA file
results = client.predict_from_fasta(
"input.fa",
modalities=["CAGE", "ATAC", "DNase", "H3K27ac"],
output_format="bigwig"
)
# Results are saved as BigWig files for visualization
for track in results.tracks:
print(f"Saved: {track.output_path}")Scoring Effetto Variante
from dr7_alphagenome import AlphaGenome
client = AlphaGenome()
# Score a single variant
effect = client.score_variant(
chromosome="chr17",
position=7674220, # Near TP53 gene
ref="G",
alt="A",
window_size=100000 # Context around variant
)
print(f"Overall effect score: {effect.score:.4f}")
print(f"Gene expression change: {effect.expression_delta:.4f}")
print("Top affected cell types:")
for ct in effect.top_cell_types[:5]:
print(f" {ct.name}: {ct.score:.4f}")Elaborazione VCF Batch
from dr7_alphagenome import AlphaGenome
client = AlphaGenome()
# Score variants from VCF file
results = client.score_vcf(
"variants.vcf",
reference="hg38",
output_file="scored_variants.tsv",
include_tracks=["CAGE", "enhancer_activity"],
parallel=True
)
print(f"Scored {results.total_variants} variants")
print(f"High-impact variants: {results.high_impact_count}")
# Filter for regulatory variants
regulatory = results.filter(
min_score=0.5,
affected_elements=["enhancer", "promoter"]
)
regulatory.to_dataframe().to_csv("regulatory_variants.csv")REST API con curl
# REST API Example with curl
# Predict from sequence
curl -X POST https://api.dr7.ai/v1/alphagenome/predict \
-H "Authorization: Bearer $DR7_API_KEY" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d '{
"sequence": "ATCGATCG...",
"modalities": ["CAGE", "ATAC"],
"cell_types": ["K562"]
}'
# Score variant
curl -X POST https://api.dr7.ai/v1/alphagenome/variant \
-H "Authorization: Bearer $DR7_API_KEY" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d '{
"chromosome": "chr1",
"position": 12345,
"ref": "A",
"alt": "G"
}'Hai Bisogno di Aiuto con l'API?
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AlphaGenome API Assistant Supporto Tecnico API
Prova l'IA Genomica
Migliori Pratiche
Ottimizza l'uso dell'AlphaGenome API
Ottimizzazione Lunghezza Sequenza
Bilancia la lunghezza del contesto con il tempo di elaborazione per risultati ottimali.
- ✓Usa finestre da 100kb-500kb per la maggior parte delle applicazioni
- ✓Contesto completo di 1Mb per analisi regolatorie a lungo raggio
- ✓Finestre più piccole (50kb) per scoring varianti ad alto throughput
Selezione Tipo Cellulare
Scegli tipi cellulari rilevanti per focalizzare la tua analisi.
- ✓Seleziona tipi cellulari corrispondenti alla tua domanda biologica
- ✓Usa tipi cellulari corrispondenti al tessuto per studi sulle malattie
- ✓Interroga i tipi cellulari disponibili con /v1/alphagenome/cell-types
Strategia Elaborazione Batch
Elabora efficientemente grandi dataset con endpoint batch.
- ✓Raggruppa le varianti per cromosoma per elaborazione efficiente
- ✓Usa callback asincroni per lavori grandi (>1000 varianti)
- ✓Considera il formato di output basato sull'analisi downstream
Gestione Errori
Costruisci applicazioni robuste con una corretta gestione degli errori.
- ✓Implementa backoff esponenziale per i limiti di rate
- ✓Valida le sequenze prima dell'invio
- ✓Verifica le posizioni delle varianti rispetto al genoma di riferimento
Pronto a Scalare la Tua Analisi Genomica?
Ottieni accesso API con limiti di rate più alti, supporto prioritario e funzionalità avanzate.
FAQ API
Domande tecniche comuni sull'AlphaGenome API
Quali sono i limiti di rate?
Piano gratuito: 100 richieste/giorno. Standard: 10.000 richieste/giorno. Pro: 100.000 richieste/giorno. Enterprise: Limiti personalizzati disponibili. Gli header dei limiti di rate sono inclusi in tutte le risposte API.
Quali formati di input sono supportati?
L'API accetta sequenze DNA grezze (caratteri A, T, C, G), formato FASTA, coordinate genomiche (hg38) e file VCF per lo scoring batch delle varianti. Le sequenze possono essere lunghe fino a 1Mb.
Come gestire sequenze lunghe?
Per sequenze più lunghe di 1Mb, dividile in finestre sovrapposte e combina le predizioni. L'SDK fornisce una funzione helper sliding_window() che gestisce questo automaticamente.
Quali formati di output sono disponibili?
JSON (default) per accesso programmatico, BigWig per visualizzazione nel browser genomico, BedGraph per analisi basata su testo e TSV per output tabulari. I lavori batch possono anche produrre file compressi.
Come mi autentico?
Usa l'autenticazione Bearer token con la tua chiave API. Imposta la variabile d'ambiente DR7_API_KEY o passala direttamente al costruttore del client. Le chiavi API possono essere gestite nella tua dashboard Dr7.ai.
È disponibile un Python SDK?
Sì! Installa con 'pip install dr7-alphagenome'. L'SDK fornisce un'interfaccia di alto livello per tutti gli endpoint API, retry automatici, supporto streaming e funzioni helper per workflow comuni.