AlphaGenome API
Guia Completo do Desenvolvedor
Integre análise poderosa de sequência de DNA e previsão de efeito de variantes em suas aplicações com nosso Python SDK e REST API.
Início Rápido
Comece a usar o AlphaGenome em minutos
Instalar SDK
Instale o pacote Python usando pip
pip install dr7-alphagenomeConfigurar Chave API
Configure suas credenciais de autenticação
export DR7_API_KEY=your_keyExecutar Previsão
Faça sua primeira previsão pela linha de comando
alphagenome predict seq.fafrom dr7_alphagenome import AlphaGenome
# Initialize the client
client = AlphaGenome(api_key="your_api_key")
# Predict from DNA sequence
sequence = "ATCGATCG..." * 125000 # 1Mb sequence
results = client.predict(
sequence=sequence,
modalities=["CAGE", "ATAC", "ChIP"],
cell_types=["K562", "HepG2"]
)
# Get variant effect predictions
variant_effect = client.score_variant(
chromosome="chr1",
position=12345,
ref="A",
alt="G"
)
print(f"Variant effect score: {variant_effect.score}")
print(f"Affected tracks: {variant_effect.top_affected_tracks}")Capacidades Principais da API
Endpoints poderosos para análise genômica abrangente
Previsão de Sequência
POST /v1/alphagenome/predict
Preveja efeitos funcionais a partir de sequências brutas de DNA. Retorna previsões para 5.930 trilhas cobrindo expressão gênica, acessibilidade da cromatina e mais.
Parâmetros:
- •sequence: Sequência de DNA (até 1Mb)
- •modalities: Lista de tipos de saída (CAGE, ATAC, etc.)
- •cell_types: Tipos de células/tecidos alvo
- •output_format: json, bigwig ou bedgraph
Pontuação de Variantes
POST /v1/alphagenome/variant
Pontue o impacto funcional de variantes genéticas. Compare previsões de alelos de referência e alternativo para quantificar efeitos de variantes.
Parâmetros:
- •chromosome: Nome do cromossomo (chr1-chr22, chrX, chrY)
- •position: Posição genômica (hg38)
- •ref: Alelo de referência
- •alt: Alelo alternativo
- •window_size: Janela de contexto (padrão 100kb)
Processamento em Lote
POST /v1/alphagenome/batch
Processe múltiplas sequências ou variantes em uma única requisição. Ideal para arquivos VCF ou estudos em escala genômica.
Parâmetros:
- •variants: Lista de variantes ou arquivo VCF
- •parallel: Habilitar processamento paralelo
- •callback_url: Webhook para notificação de conclusão
- •output_format: Formato do arquivo de saída
Consulta de Região
GET /v1/alphagenome/region
Consulte previsões para uma região genômica específica. Útil para visualizar previsões em um navegador genômico.
Parâmetros:
- •chromosome: Cromossomo alvo
- •start: Posição inicial
- •end: Posição final (intervalo máx. 1Mb)
- •tracks: Trilhas específicas para retornar
Exemplos de Código
Aprenda com exemplos de casos de uso comuns
Previsão Básica de Sequência
from dr7_alphagenome import AlphaGenome
client = AlphaGenome()
# Load sequence from FASTA file
results = client.predict_from_fasta(
"input.fa",
modalities=["CAGE", "ATAC", "DNase", "H3K27ac"],
output_format="bigwig"
)
# Results are saved as BigWig files for visualization
for track in results.tracks:
print(f"Saved: {track.output_path}")Pontuação de Efeito de Variante
from dr7_alphagenome import AlphaGenome
client = AlphaGenome()
# Score a single variant
effect = client.score_variant(
chromosome="chr17",
position=7674220, # Near TP53 gene
ref="G",
alt="A",
window_size=100000 # Context around variant
)
print(f"Overall effect score: {effect.score:.4f}")
print(f"Gene expression change: {effect.expression_delta:.4f}")
print("Top affected cell types:")
for ct in effect.top_cell_types[:5]:
print(f" {ct.name}: {ct.score:.4f}")Processamento VCF em Lote
from dr7_alphagenome import AlphaGenome
client = AlphaGenome()
# Score variants from VCF file
results = client.score_vcf(
"variants.vcf",
reference="hg38",
output_file="scored_variants.tsv",
include_tracks=["CAGE", "enhancer_activity"],
parallel=True
)
print(f"Scored {results.total_variants} variants")
print(f"High-impact variants: {results.high_impact_count}")
# Filter for regulatory variants
regulatory = results.filter(
min_score=0.5,
affected_elements=["enhancer", "promoter"]
)
regulatory.to_dataframe().to_csv("regulatory_variants.csv")REST API com curl
# REST API Example with curl
# Predict from sequence
curl -X POST https://api.dr7.ai/v1/alphagenome/predict \
-H "Authorization: Bearer $DR7_API_KEY" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d '{
"sequence": "ATCGATCG...",
"modalities": ["CAGE", "ATAC"],
"cell_types": ["K562"]
}'
# Score variant
curl -X POST https://api.dr7.ai/v1/alphagenome/variant \
-H "Authorization: Bearer $DR7_API_KEY" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d '{
"chromosome": "chr1",
"position": 12345,
"ref": "A",
"alt": "G"
}'Precisa de Ajuda com a API?
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AlphaGenome API Assistant Suporte Técnico da API
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Melhores Práticas
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Otimização do Comprimento da Sequência
Equilibre o comprimento do contexto com o tempo de processamento para resultados ótimos.
- ✓Use janelas de 100kb-500kb para a maioria das aplicações
- ✓Contexto completo de 1Mb para análise regulatória de longo alcance
- ✓Janelas menores (50kb) para pontuação de variantes de alto rendimento
Seleção de Tipo Celular
Escolha tipos celulares relevantes para focar sua análise.
- ✓Selecione tipos celulares correspondentes à sua questão biológica
- ✓Use tipos celulares correspondentes ao tecido para estudos de doenças
- ✓Consulte tipos celulares disponíveis com /v1/alphagenome/cell-types
Estratégia de Processamento em Lote
Processe grandes conjuntos de dados eficientemente com endpoints de lote.
- ✓Agrupe variantes por cromossomo para processamento eficiente
- ✓Use callbacks assíncronos para trabalhos grandes (>1000 variantes)
- ✓Considere o formato de saída com base na análise downstream
Tratamento de Erros
Construa aplicações robustas com tratamento adequado de erros.
- ✓Implemente backoff exponencial para limites de taxa
- ✓Valide sequências antes do envio
- ✓Verifique posições de variantes contra o genoma de referência
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Obtenha acesso à API com limites de taxa mais altos, suporte prioritário e recursos avançados.
FAQ da API
Perguntas técnicas comuns sobre a AlphaGenome API
Quais são os limites de taxa?
Plano gratuito: 100 requisições/dia. Standard: 10.000 requisições/dia. Pro: 100.000 requisições/dia. Enterprise: Limites personalizados disponíveis. Cabeçalhos de limite de taxa são incluídos em todas as respostas da API.
Quais formatos de entrada são suportados?
A API aceita sequências brutas de DNA (caracteres A, T, C, G), formato FASTA, coordenadas genômicas (hg38) e arquivos VCF para pontuação em lote de variantes. Sequências podem ter até 1Mb de comprimento.
Como lidar com sequências longas?
Para sequências maiores que 1Mb, divida-as em janelas sobrepostas e combine as previsões. O SDK fornece uma função auxiliar sliding_window() que lida com isso automaticamente.
Quais formatos de saída estão disponíveis?
JSON (padrão) para acesso programático, BigWig para visualização em navegador genômico, BedGraph para análise baseada em texto e TSV para saídas tabulares. Trabalhos em lote também podem gerar arquivos comprimidos.
Como me autenticar?
Use autenticação Bearer token com sua chave API. Defina a variável de ambiente DR7_API_KEY ou passe-a diretamente para o construtor do cliente. As chaves API podem ser gerenciadas no seu painel Dr7.ai.
Existe um Python SDK disponível?
Sim! Instale com 'pip install dr7-alphagenome'. O SDK fornece uma interface de alto nível para todos os endpoints da API, retentativas automáticas, suporte a streaming e funções auxiliares para fluxos de trabalho comuns.